敵の本拠地を攻める時は、出来るだけ敵の戦力ゲージが半分以下になってからにしましょう。
敵の戦力ゲージが半分以上ある場合は、本拠地内に設置されている砲台から攻撃を受けることになります。
比較的攻撃力も強く、こちらの攻撃の途中で邪魔をされることもあります。
このため、可能であれば、他の拠点や他の敵パイロットなどを撃破して敵の戦力ゲージを減らしてから、敵本拠地を攻めるようにしましょう。
もし、機体の能力が高くて、砲台の攻撃をものともしないのであれば、最初から敵本拠地を攻めると、全体の攻略が楽になるかと思います。