主に、自分で操作可能にするためには、下記の方法があります。
最初から使用できるキャラクターが何人かいます。無条件で使用が可能です。
ストーリーミッションの連続したストーリーのシナリオを攻略していくと使用できるようになります。使用できるようになるミッションは固定されていますので、希望のキャラクターが仲間になるストーリーを攻略していく必要があります。
共感を上げると使用できるキャラクターもいます。そのキャラクターが共感を上げるようにできるようになる条件は、ストーリーミッションをこなしていく必要があります。そのため、先に挙げた「ストーリーミッションを進めると使用できる」よりも面倒な条件であると言えます。